تشخیص سرطان با روش NGS چگونه است؟ این آزمایش در کجا انجام می شود؟ با ما در این مطلب همراه باشید تا در خصوص آزمایش Ngs بیشتر صحبت کنیم.
آزمایش Ngs
Onco mine Precision Be Smart GX Assay
با یک آزمایش واحد که از توالی یابی نسل بعدی (NGS)برای تشخیص جهشها، CNV ها استفاده میکند، و انواع همجوشی در میان ۵۰ ژن کلیدی رایج مانند EGFR ،ALK ، BRAF ،ROS1،RET ، KRAS ،PIK3CA ،و ERBB2 ،در میان دیگران با سرطان شایع و توصیه میکند. داروهای مرتبط با جهش شناسایی شده شایع ترین و بالقوه مرتبط ترین سرطان انواع محرک در ۵۰ ژن، از جمله انواع بالقوه مهم محرک مقاومت.
پلتفرم: سیستم یون تورنت Genexus
نمونه: بافت ثابت شده با فرمالین، جاسازی شده در پارافین (FFPE) پالسما ۱۰-۲۰ میلی لیتر در لوله Streck
زمان جوابدهی: ۱۵-۱۰ روز از دریافت نمونه در آزمایشگاه
Oncomine Precision Be Smart GX Assay
A single test that uses Next generation sequencing (NGS) for detection
of Mutations, CNVs, and fusion variant types across common 50 key
genes such as EGFR, ALK, BRAF, ROS1, RET, KRAS, PIK3CA, and
ERBB2, among others with common cancer and recommends drugs
associated with the mutation detected. Most prevalent and potentially
relevant cancer driver variants across 50 genes, including potentially
important resistance driving variants. Platform: Ion Torrent Genexus
System Specimen: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue,
۱۰-۲۰ ml Plasma in Streck tube TAT: 10-15 Days from receiving the
sample in the laboratory
Oncomine Myeloid V2 Be Smart GX Assay
Oncomine Myeloid Assay Be Smart GX Assay is a comprehensive
targeted next-generation sequencing (NGS) assay designed for sensitive
detection of myeloid disorder-associated DNA mutations and fusion
transcripts in blood and bone marrow samples. The panel is comprised
of 40 key genes while the RNA panel includes a broad fusion panel of
۳۰ driver genes, covering the most relevant targets associated with major
myeloid disorders, including AML, MPN, MDS, CMML, CML, JMML.
Platform: Ion Torrent Genexus System
Specimen: Peripheral blood sample /Bone marrow aspirate in an EDTA
tube. (5 ml)
TAT: 10-15 Days from receiving the sample in the laboratory
Oncomine Myeloid Assay Be Smart GX Assay
یک سنجش توالی یابی هدفمند نسل بعدی (NGS) است که برای تشخیص حساس جهش های DNA مرتبط با اختلال میلوئید و رونوشت های همجوشی در نمونه های خون و مغز استخوان طراحی شده است. این پانل از ۴۰ ژن کلیدی تشکیل شده است در حالی که پانل RNA شامل پانل همجوشی گسترده ای از ۳۰ ژن محرک است که مرتبط ترین اهداف مرتبط با اختالالت عمده میلوئید، از جمله AML ،MPN ،MDS ،CMML ،CML ،JMML را پوشش می دهد.
پلتفرم: سیستم یون تورنت Genexus
نمونه: نمونه خون محیطی / آسپیراسیون مغز استخوان در یک لوله EDTA .(5 میلی لیتر)
زمان جوابدهی:۱۵-۱۰ روز از دریافت نمونه در آزمایشگاه
بیشتر بخوانید: راه تشخیص سرطان روده
Oncomine Be Smart Comprehensive Plus Assay
Oncomine™ Be Smart Comprehensive Assay Plus یک سنجش توالی یابی هدفمند و نسل بعدی (NGS) است که یک راه حل پروفایل ژنومی جامع مناسب برای بافت های پارافین جاسازی شده با فرمالین (FFPE) ارائه میدهد. این روش به تجزیه و تحلیل همزمان DNA و RNA اجازه می دهد تا به طور همزمان چندین نشانگر زیستی مرتبط با تحقیقات هدفمند و ایمنی، از جمله اهداف جامع مرتبط با سرطان را در یک گردش کار شناسایی کند. Plus Assay Comprehensive Oncomine بیش از ۵۰۰ ژن منحصربهفرد را پوشش میدهد، از جمله ژنهای محرک اصلی سرطان مانند ERBB2 ،KRAS ،BRAF EGFR MET و همجوشهایی که شامل RET ،ROS1 ،ALK و ۳/۲/NTRK1 و غیره میشود.
نکات کلیدی Oncomine Comprehensive Assay Plus
- نمایه بیش از ۵۰۰ ژن منحصر به فرد برای بینش نشانگرهای زیستی تک ژنی و چند ژنی
- نشانگرهای زیستی تک ژنی را از همه انواع مختلف از جمله SNVs ،indels ،CNVs ، همجوشیهای شناخته شده و جدید، و انواع اسپالیس شناسایی کنید.
- تجزیه و تحلیل بیومارکرهای پیچیده چند ژنی برای امضای جهش، از جمله بار جهشی تومور (TMB) ناپایداری ریزماهواره (MSI) برای تحقیقات ایمونوتراپی
- با ارزیابی واریانت ها در ۴۲ ژن مسیر HRR و ناپایداری ژنومی با از دست دادن هتروزیگوسیتی (LOH) نقص در ترمیم نوترکیبی همسانی (HRR) را شناسایی کنید.
- تشخیص از دست دادن پیچیده انواع عملکرد از جمله LOH(در سطح ژن) در ژنهای کلیدی HRR ،از جمله BRCA1 و BRCA2
Oncomine Be Smart Comprehensive Assay v3(161 Gene)
The Oncomine Be Smart Comprehensive Assay v3 is a targeted, next[1]generation sequencing (NGS) assay that enables the detection of relevant
SNVs, CNVs, gene fusions, and indels from 161 unique genes to help
inform drug discovery research and clinical trial research programs
Platform: Ion Gene Studio S5 Systems
Specimen: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue
TAT: 35 Days from receiving the sample in the laboratory
Oncomine Be Smart Comprehensive Assay v3 (161 Gene)
v3 Assay Comprehensive Smart Be Oncomine
یک سنجش توالی یابی هدفمند و نسل بعدی (NGS ) است که تشخیص SNVs ،CNVs ،همجوشی ژن، و ایندل مربوطه را
از ۱۶۱ ژن منحصر به فرد برای کمک به اطلاع رسانی تحقیقات کشف دارو و برنامه های تحقیقاتی کارآزمایی بالینی امکان پذیر می کند.
پلتفرم : سیستم های Ion Gene Studio S5
نمونه: بافت پارافین ( FFPE) ثابت شده با فرمالین
زمان جوابدهی:۳۵ روز از دریافت نمونه در آزمایشگاه
Oncomine Be Smart Pan-Cancer Cell-Free Assay
Oncomine Be Smart Pan-Cancer Cell-Free assay is a NGS based assay
designed to detect somatic DNA single-nucleotide variants (SNV),
insertions/deletions (INDEL), copy number variants (CNV), and gene
fusions in cell-free total nucleic acid (cfTNA) across 52 genes.
Specimen: 20 mL whole blood in 2 streck tubes
Platform: Ion Gene Studio S5 Systems
TAT: 28 Days from receiving the sample in the laboratory
Oncomine Be Smart Pan-Cancer Cell Assay
روش Oncomine Be Smart Pan-Cancer Cell-Free یک سنجش مبتنی بر بر مبتنی NGS است که برای تشخیص انواع تک نوکلئوتیدی DNA سوماتیک (SNV )، درج ها/حذف ها (INDEL) واریانت های تعداد کپی (CNV) و همجوشی ژن ها در مجموع بدون سلول طراحی شده است. اسید نوکلئیک (cfTNA ) در ۵۲ ژن.
نمونه: ۲۰ میلی لیتر خون کامل در ۲ لوله streck
پلتفرم: سیستم های Ion Gene Studio S5
زمان جوابدهی: ۲۸ روز از دریافت نمونه در آزمایشگاه
بیشتر بخوانید : مشاوره ژنتیک و ارزیابی خطر در سرطان
ncomine Be Smart Cell-Free Assay- Lung
Ion Torrent™ Oncomine Be Smart liquid biopsy assays are highly
sensitive, multibiomarker next-generation sequencing(NGS) assays that
enable molecular insights into tumorevolution and detection of primary
driver and resistance mutations for clinical research Based on multiplex
PCR, our proprietary technology together with Ion Torrent™ sequencing
enables researchers to study biomarkers that may impact treatment
selection, treatment monitoring, and recurrence monitoring in lung,
breast and colon cancer.
Specimen: 20 mL whole blood in 2 streck tubes
Platform: Ion Gene Studio S5 Systems
TAT: 28 Days from receiving the sample in the laboratory
Oncomine Be Smart-Free Assay- Lung
سنجشهای بیوپسی مایع Smart Be Oncomine™ Torrent Ion ،سنجشهای توالی یابی نسل بعدی چندبیومارکری (NGS) بسیار حساس هستند که بینش مولکولی را در مورد تکامل تومور و تشخیص جهشهای محرک اولیه و مقاومت برای تحقیقات بالینی بر اساس PCR Multiplex ،فناوری انحصاری ما همراه با Ion امکانپذیر میسازد. توالی یابی Torrent محققان را قادر می سازد بیومارکرهایی را مطالعه کنند که ممکن است بر انتخاب درمان، نظارت بر درمان و نظارت بر عود در سرطان ریه، سینه و روده بزرگ تأثیر بگذارد.
Oncomine Be Smart BRCA1 & BRACA2
The Ion Torrent™ Oncomine Be Smart BRCA Research Assay for the
detection of BRCA somatic and germline mutations from formalin[1]fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue and whole blood has been
widely adopted in molecular pathology laboratories across the world.
The Assay can now detect large InDels and exon or whole gene deletion
or duplication events, uniquely empowering laboratories to detect all
classes of mutations in one NGS workflow, removing the need to
employ multiple technologies.
Specimen: 20 mL whole blood in EDTA
Platform: Ion Gene Studio S5 Systems
TAT: 21 Days from receiving the sample in the laboratory
BRACA2 & Oncomine Be Smart BRCA1
روش تحقیقاتی Ion Torrent™ Oncomine Be Smart BRCA برای تشخیص جهش های سوماتیک و ژرمینال BRCA از بافت ثابت شده با پارافین (FFPE)خون کامل به طور گسترده در آزمایشگاههای آسیبشناسی مولکولی در سراسر جهان مورد استفاده قرار گرفته است. این روش اکنون میتواند InDels بزرگ و رویدادهای حذف یا تکثیر کل ژن و اگزون یا کل ژن را شناسایی کند، و به طور منحصربهفردی به آزمایشگاهها قدرت میدهد تا همه کالسهای جهش را در یک گردش کار NGS شناسایی کنند و نیاز به استفاده از فناوریهای متعدد را از بین ببرد.
Oncomine Be Smart Tumour Mutation Load Assay (409* Gene)
The Ion Torrent™ Oncomine Be Smart Tumour Mutation Load Assay
measures this important biomarker, enabling research that explores the
correlation between TMB and future therapeutic response in several
cancers.
Specimen: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue,
Platform: Ion Gene Studio S5 Systems
TAT: 28 Days from receiving the sample in the laboratory
سنجش بار جهش تومور Smart Be Oncomine( ژن ۴۰۹)*
سنجش بار جهش تومور Smart Be Oncomine™ Torrent Ion این نشانگر زیستی مهم را اندازهگیری میکند و تحقیقاتی را امکان پذیر میکند که همبستگی بین TMB و پاسخ درمانی آینده را در چندین سرطان بررسی میکند.
Oncomine Be Smart Focus Assay (52 Gene)
The Ion Torrent™ Oncomine Be Smart Focus Assay is amultibiomarker
next-generation sequencing (NGS) assay that enables detection of
variants in 52 genes relevant to solid tumors. This assay allows
concurrent analysis ofDNA and RNA to simultaneously detect multiple
types of variants, including hotspots, single-nucleotide variants (SNVs),
indels, copy number variants (CNVs), and gene fusions, in a single
workflow.
Specimen: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue,
Platform: Ion Gene Studio S5 Systems
TAT: 28 Days from receiving the sample in the laboratory
سنجش تمکز Oncomine Be Smart (۵۲ ژن)
Ion Torrent™ Oncomine Be Smart Focus Assay یک سنجش توالی یابی نسل بعدی مولتیبیومارکر (NGS) است که امکان تشخیص انواع در ۵۲ ژن مرتبط با تومورهای جامد را فراهم میکند. این روش به تجزیه و تحلیل همزمان DNA و RNA
اجازه می دهد تا به طور همزمان انواع مختلفی از انواع مختلف، از جمله نقاط داغ، انواع تک نوکلئوتیدی (SNVs) ،ایندل ها، واریانت های تعداد کپی (CNVs) و ترکیب ژن ها را در یک جریان کاری واحد شناسایی کند.
Cancer Be Smart Hotspot Panel V2 (50 gene)
The Ion AmpliSeq™ Cancer Be Smart Hotspot Panel v2 allows
translational and disease researchers to fast-track oncology research by
surveying hotspot regions of 50oncogenes and tumor suppressor genes,
with wide coverage of the KRAS, BRAF and EGFR genes.
Targets
Hotspot regions, including ~2,800 COSMIC mutations of 50 oncogenes
andtumor suppressor genes, with wide coverage of the KRAS, BRAF
and EGFRgenes.
Specimen: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue,
Platform: Ion Gene Studio S5 Systems
TAT: 28 Days from receiving the sample in the laboratory
Cancer Be Smart Hotspot Panel V2 (ژن ۵۰)
Ion AmpliSeq™ Cancer Be Smart Hotspot Panel v2 و به محققان ترجمه بیماری اجازه می دهد تا با بررسی مناطق کانونی ۵۰ انکوژن و ژن های سرکوبگر تومور، با پوشش گسترده ای از ژن های KRAS ،BRAF و EGFR ،تحقیقات سرطان شناسی را سریع دنبال کنند.
بیشتر بخوانید : ژنتیک در ابتلا به سرطان چه نقشی دارد؟