تشخیص سرطان با روش NGS

تشخیص سرطان با روش  NGS چگونه است؟ این آزمایش در کجا انجام می شود؟ با ما در این مطلب همراه باشید تا در خصوص آزمایش Ngs بیشتر صحبت کنیم.

آزمایش Ngs

Onco mine Precision Be Smart GX Assay

با یک آزمایش واحد که از توالی یابی نسل بعدی (NGS)برای تشخیص جهش‌ها، CNV ها استفاده می‌کند، و انواع همجوشی در میان ۵۰ ژن کلیدی رایج مانند EGFR ،ALK ، BRAF ،ROS1،RET ، KRAS ،PIK3CA ،و ERBB2 ،در میان دیگران با سرطان شایع و توصیه می‌کند. داروهای مرتبط با جهش شناسایی شده شایع ترین و بالقوه مرتبط ترین سرطان انواع محرک در ۵۰ ژن، از جمله انواع بالقوه مهم محرک مقاومت.

پلتفرم: سیستم یون تورنت Genexus

نمونه: بافت ثابت شده با فرمالین، جاسازی شده در پارافین (FFPE) پالسما ۱۰-۲۰ میلی لیتر در لوله Streck

زمان جوابدهی: ۱۵-۱۰ روز از دریافت نمونه در آزمایشگاه

Oncomine Precision Be Smart GX Assay

A single test that uses Next generation sequencing (NGS) for detection

of Mutations, CNVs, and fusion variant types across common 50 key

genes such as EGFR, ALK, BRAF, ROS1, RET, KRAS, PIK3CA, and

ERBB2, among others with common cancer and recommends drugs

associated with the mutation detected. Most prevalent and potentially

relevant cancer driver variants across 50 genes, including potentially

important resistance driving variants. Platform: Ion Torrent Genexus

System Specimen: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue,

۱۰-۲۰ ml Plasma in Streck tube TAT: 10-15 Days from receiving the

sample in the laboratory

Oncomine Myeloid V2 Be Smart GX Assay

Oncomine Myeloid Assay Be Smart GX Assay is a comprehensive

targeted next-generation sequencing (NGS) assay designed for sensitive

detection of myeloid disorder-associated DNA mutations and fusion

transcripts in blood and bone marrow samples. The panel is comprised

of 40 key genes while the RNA panel includes a broad fusion panel of

۳۰ driver genes, covering the most relevant targets associated with major

myeloid disorders, including AML, MPN, MDS, CMML, CML, JMML.

Platform: Ion Torrent Genexus System

Specimen: Peripheral blood sample /Bone marrow aspirate in an EDTA

tube. (5 ml)

TAT: 10-15 Days from receiving the sample in the laboratory

Oncomine Myeloid Assay Be Smart GX Assay

یک سنجش توالی یابی هدفمند نسل بعدی (NGS) است که برای تشخیص حساس جهش های DNA مرتبط با اختلال میلوئید و رونوشت های همجوشی در نمونه های خون و مغز استخوان طراحی شده است. این پانل از ۴۰ ژن کلیدی تشکیل شده است در حالی که پانل RNA شامل پانل همجوشی گسترده ای از ۳۰ ژن محرک است که مرتبط ترین اهداف مرتبط با اختالالت عمده میلوئید، از جمله AML ،MPN ،MDS ،CMML ،CML ،JMML را پوشش می دهد.

پلتفرم: سیستم یون تورنت Genexus

نمونه: نمونه خون محیطی / آسپیراسیون مغز استخوان در یک لوله EDTA .(5 میلی لیتر)

زمان جوابدهی:۱۵-۱۰ روز از دریافت نمونه در آزمایشگاه

بیشتر بخوانید: راه تشخیص سرطان روده 

Oncomine Be Smart Comprehensive Plus Assay

Oncomine™ Be Smart Comprehensive Assay Plus یک سنجش توالی یابی هدفمند و نسل بعدی (NGS) است که یک راه حل پروفایل ژنومی جامع مناسب برای بافت های پارافین جاسازی شده با فرمالین (FFPE) ارائه می‌دهد. این روش به تجزیه و تحلیل همزمان DNA و RNA اجازه می دهد تا به طور همزمان چندین نشانگر زیستی مرتبط با تحقیقات هدفمند و ایمنی، از جمله اهداف جامع مرتبط با سرطان را در یک گردش کار شناسایی کند. Plus Assay Comprehensive Oncomine بیش از ۵۰۰ ژن منحصربه‌فرد را پوشش میدهد، از جمله ژنهای محرک اصلی سرطان مانند  ERBB2 ،KRAS ،BRAF  EGFR MET و  همجوش‌هایی که شامل RET ،ROS1 ،ALK و ۳/۲/NTRK1 و غیره میشود.

نکات کلیدی Oncomine Comprehensive Assay Plus

• نمایه بیش از ۵۰۰ ژن منحصر به فرد برای بینش نشانگرهای زیستی تک ژنی و چند ژنی
• نشانگرهای زیستی تک ژنی را از همه انواع مختلف از جمله SNVs ،indels ،CNVs ، همجوشیهای شناخته شده و جدید، و انواع اسپالیس شناسایی کنید.
• تجزیه و تحلیل بیومارکرهای پیچیده چند ژنی برای امضای جهش، از جمله بار جهشی تومور (TMB) ناپایداری ریزماهواره (MSI) برای تحقیقات ایمونوتراپی
• با ارزیابی واریانت ها در ۴۲ ژن مسیر HRR و ناپایداری ژنومی با از دست دادن هتروزیگوسیتی (LOH) نقص در ترمیم نوترکیبی همسانی (HRR) را شناسایی کنید.
• تشخیص از دست دادن پیچیده انواع عملکرد از جمله LOH(در سطح ژن) در ژنهای کلیدی HRR ،از جمله BRCA1 و BRCA2

Oncomine Be Smart Comprehensive Assay v3(161 Gene)

The Oncomine Be Smart Comprehensive Assay v3 is a targeted, next[1]generation sequencing (NGS) assay that enables the detection of relevant

SNVs, CNVs, gene fusions, and indels from 161 unique genes to help

inform drug discovery research and clinical trial research programs

Platform: Ion Gene Studio S5 Systems

Specimen: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue

TAT: 35 Days from receiving the sample in the laboratory

Oncomine Be Smart Comprehensive Assay v3 (161 Gene)

v3 Assay Comprehensive Smart Be Oncomine

یک سنجش توالی یابی هدفمند و نسل بعدی  (NGS ) است که تشخیص SNVs ،CNVs ،همجوشی ژن، و ایندل مربوطه را

از ۱۶۱ ژن منحصر به فرد برای کمک به اطلاع رسانی تحقیقات کشف دارو و برنامه های تحقیقاتی کارآزمایی بالینی امکان پذیر می کند.

پلتفرم : سیستم های Ion Gene Studio S5

نمونه: بافت پارافین ( FFPE) ثابت شده با فرمالین

زمان جوابدهی:۳۵ روز از دریافت نمونه در آزمایشگاه

Oncomine Be Smart Pan-Cancer Cell-Free Assay

Oncomine Be Smart Pan-Cancer Cell-Free assay is a NGS based assay

designed to detect somatic DNA single-nucleotide variants (SNV),

insertions/deletions (INDEL), copy number variants (CNV), and gene

fusions in cell-free total nucleic acid (cfTNA) across 52 genes.

Specimen: 20 mL whole blood in 2 streck tubes

Platform: Ion Gene Studio S5 Systems

TAT: 28 Days from receiving the sample in the laboratory

Oncomine Be Smart Pan-Cancer Cell Assay

روش  Oncomine Be Smart Pan-Cancer Cell-Free   یک سنجش مبتنی بر  بر مبتنی NGS است که برای تشخیص انواع تک نوکلئوتیدی DNA سوماتیک (SNV )، درج ها/حذف ها (INDEL) واریانت های تعداد کپی (CNV) و همجوشی ژن ها در مجموع بدون سلول طراحی شده است. اسید نوکلئیک (cfTNA ) در ۵۲ ژن.

نمونه: ۲۰ میلی لیتر خون کامل در ۲ لوله streck

پلتفرم: سیستم های Ion Gene Studio S5

زمان جوابدهی: ۲۸ روز از دریافت نمونه در آزمایشگاه

بیشتر بخوانید : مشاوره ژنتیک و ارزیابی خطر در سرطان

ncomine Be Smart Cell-Free Assay- Lung

Ion Torrent™ Oncomine Be Smart liquid biopsy assays are highly

sensitive, multibiomarker next-generation sequencing(NGS) assays that

enable molecular insights into tumorevolution and detection of primary

driver and resistance mutations for clinical research Based on multiplex

PCR, our proprietary technology together with Ion Torrent™ sequencing

enables researchers to study biomarkers that may impact treatment

selection, treatment monitoring, and recurrence monitoring in lung,

breast and colon cancer.

Specimen: 20 mL whole blood in 2 streck tubes

Platform: Ion Gene Studio S5 Systems

TAT: 28 Days from receiving the sample in the laboratory

Oncomine Be Smart-Free Assay- Lung

سنجشهای بیوپسی مایع Smart Be Oncomine™ Torrent Ion ،سنجشهای توالی یابی نسل بعدی چندبیومارکری (NGS)  بسیار حساس هستند که بینش مولکولی را در مورد تکامل تومور و تشخیص جهشهای محرک اولیه و مقاومت برای تحقیقات بالینی بر اساس PCR Multiplex ،فناوری انحصاری ما همراه با Ion امکانپذیر میسازد. توالی یابی  Torrent محققان را قادر می سازد بیومارکرهایی را مطالعه کنند که ممکن است بر انتخاب  درمان، نظارت بر درمان و نظارت بر عود در سرطان ریه، سینه و روده بزرگ تأثیر بگذارد.

Oncomine Be Smart BRCA1 & BRACA2

The Ion Torrent™ Oncomine Be Smart BRCA Research Assay for the

detection of BRCA somatic and germline mutations from formalin[1]fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue and whole blood has been

widely adopted in molecular pathology laboratories across the world.

The Assay can now detect large InDels and exon or whole gene deletion

or duplication events, uniquely empowering laboratories to detect all

classes of mutations in one NGS workflow, removing the need to

employ multiple technologies.

Specimen: 20 mL whole blood in EDTA

Platform: Ion Gene Studio S5 Systems

TAT: 21 Days from receiving the sample in the laboratory

BRACA2 & Oncomine Be Smart BRCA1

روش تحقیقاتی Ion Torrent™ Oncomine Be Smart BRCA برای تشخیص جهش های سوماتیک و ژرمینال BRCA از بافت ثابت شده با پارافین (FFPE)خون کامل  به طور گسترده در آزمایشگاههای آسیبشناسی مولکولی در سراسر جهان مورد استفاده قرار گرفته است. این روش اکنون میتواند InDels بزرگ و رویدادهای حذف یا تکثیر کل ژن و  اگزون یا کل ژن را شناسایی کند، و به طور منحصربهفردی به آزمایشگاهها قدرت میدهد تا  همه کالسهای جهش را در یک گردش کار NGS شناسایی کنند و نیاز به استفاده از فناوریهای متعدد را از بین ببرد.

Oncomine Be Smart Tumour Mutation Load Assay (409* Gene)

The Ion Torrent™ Oncomine Be Smart Tumour Mutation Load Assay

measures this important biomarker, enabling research that explores the

correlation between TMB and future therapeutic response in several

cancers.

Specimen: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue,

Platform: Ion Gene Studio S5 Systems

TAT: 28 Days from receiving the sample in the laboratory

سنجش بار جهش تومور Smart Be Oncomine( ژن ۴۰۹)*

سنجش بار جهش تومور Smart Be Oncomine™ Torrent Ion این نشانگر زیستی  مهم را اندازهگیری میکند و تحقیقاتی را امکان پذیر میکند که همبستگی بین TMB و پاسخ  درمانی آینده را در چندین سرطان بررسی می‌کند.

Oncomine Be Smart Focus Assay (52 Gene)

The Ion Torrent™ Oncomine Be Smart Focus Assay is amultibiomarker

next-generation sequencing (NGS) assay that enables detection of

variants in 52 genes relevant to solid tumors. This assay allows

concurrent analysis ofDNA and RNA to simultaneously detect multiple

types of variants, including hotspots, single-nucleotide variants (SNVs),

indels, copy number variants (CNVs), and gene fusions, in a single

workflow.

Specimen: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue,

Platform: Ion Gene Studio S5 Systems

TAT: 28 Days from receiving the sample in the laboratory

سنجش تمکز Oncomine Be Smart (۵۲ ژن)

Ion Torrent™ Oncomine Be Smart Focus Assay یک سنجش توالی یابی نسل بعدی مولتیبیومارکر (NGS) است که امکان تشخیص انواع در ۵۲ ژن مرتبط با  تومورهای جامد را فراهم میکند. این روش به تجزیه و تحلیل همزمان DNA و RNA

اجازه می دهد تا به طور همزمان انواع مختلفی از انواع مختلف، از جمله نقاط داغ، انواع  تک نوکلئوتیدی (SNVs) ،ایندل ها، واریانت های تعداد کپی (CNVs) و ترکیب ژن ها را در یک جریان کاری واحد شناسایی کند.

Cancer Be Smart Hotspot Panel V2 (50 gene)

The Ion AmpliSeq™ Cancer Be Smart Hotspot Panel v2 allows

translational and disease researchers to fast-track oncology research by

surveying hotspot regions of 50oncogenes and tumor suppressor genes,

with wide coverage of the KRAS, BRAF and EGFR genes.

Targets

Hotspot regions, including ~2,800 COSMIC mutations of 50 oncogenes

andtumor suppressor genes, with wide coverage of the KRAS, BRAF

and EGFRgenes.

Specimen: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue,

Platform: Ion Gene Studio S5 Systems

TAT: 28 Days from receiving the sample in the laboratory

 Cancer Be Smart Hotspot Panel V2 (ژن ۵۰)

Ion AmpliSeq™ Cancer Be Smart Hotspot Panel v2 و به محققان ترجمه بیماری اجازه می دهد تا با بررسی مناطق کانونی ۵۰ انکوژن و ژن های سرکوبگر تومور، با پوشش گسترده ای از ژن های KRAS ،BRAF و EGFR ،تحقیقات سرطان شناسی را  سریع دنبال کنند.

بیشتر بخوانید : ژنتیک در ابتلا به سرطان چه نقشی دارد؟