من المؤكد أن الحصول على نتائج صحيحة و جودة العمل هي أهم مؤشر في المختبر الطبي. نظراص لحجم العمل و تنوع الأنشطة الفنية في المختبرات الطبية، لا يمكن الإدّعاء بأن الأخطاء المخبرية يمكن تخفيضها إلى الصفر و وفقاً للمعايير العالمية، يُسمح بمعاملات الأخطاء في المختبرات، و لكن باستخدام أنظمة مختلفة و التحكم المستمر في الجودة يمكن تقليل احتمال حدوث هذه الأخطاء إلى الحد الأدنى.

هذا الأمر الهام منذ لحظة دخول المريض إلى المختبر حتى قبل وقت تسليم الجواب. تجدر الإشارة إلى أن نتائج الاختبار يمكن أن تتأثر بعوامل مختلفة يمكن أن يعود بعضها إلى بداية الإختبار. لذلك فإن ظروف ما قبل الاختبار هامة للغاية، و الأطعمة و الأدوية المستهلكة يمكن أن تتداخل مع بعض الإختبارات. بسبب استخدام أنظمة أخذ عينات الدم المغلقة في أخذ عينات مختبر جوردن ، يتم أيضًا استخدام أنواع مختلفة من أنظمة مراقبة الجودة.

بما في ذلك استخدام عينات المراقبة التجارية بكميات محددة بعنوان مراقبة داخلية  internal control  حيث يتم تنفيذ هذا العمل بشكل يومي و تسجيله في برامج محددة. يعدّ استخدام الاختبارات المهنية    professional tests بعنوان واحد من أسس الرقابة الخارجية   external control    في مجال مراقبة الجودة بمثابة مساعدة كبيرة للمختبر من أجل مقارنة حالة المختبر مع المختبرات الأخرى.

لهذا الغرض  يستخدم المختبر الأردني حاليًا ثلاثة أنظمة مختلفة:

1. العضوية في نظام مراقبة الجودة للمؤسسات العلمية للعلوم المخبرية الإيرانية
2. إبرام عقد مع مركز مراقبة الجودة الفنلندي منذ عام 2005م الذي يعتبر واحد من أهم مراكز مراقبة الجودة العالمية .
3. عقد مع مركز مراقبة الجودة biosystem الاسباني .